Oğrenim cağına gelen Mustafa, annesinin isteğiyle Hafız Mehmet Efendi'nin mahalle mektebinde oğrenime başladı, daha sonra babasının isteğiyle Mektebi Şemsi İbtidai'ne (Şemsi Efendi Mektebi) gecti 1888 yılında babasını kaybetti Bir sure Rapla Ciftliği'nde dayısı Huseyin'in yanında kaldıktan sonra Selanik'e donup okulunu bitirdi Bu arada Zubeyde Hanım, Selanik'te gumruk memuru olan Ragıp Bey ile evlendi
Şimdi muze olan Koca Kasım Paşa Mahallesi Islahhane Caddesi'ndeki ev 1870'de Rodoslu muderris Hacı Mehmed Vakfı tarafından yaptırılmış ve 1878'de yeni evlenen Ali Rıza Bey tarafından kiralanmıştır Ancak o oldukten sonra Mustafa ve ailesi bu evden yanındaki 2 katlı, 3 odalı ve mutfaklı daha kucuk eve taşınmışlardırBu ev once İbrahim Zuhdu'ye, daha sonra Abdullah Ağa ve eşi Ummu Gulsum'e satılmıştır
Mustafa, Selanik Mulkiye Ruştiyesi'ne kaydoldu ve 1893 yılında Selanik Askeri Ruştiyesi'ne girdi Bu okulda Matematik Oğretmeni Yuzbaşı Uskuplu Mustafa Sabri Bey ona anlamı mukemmellik, olgunluk olan Kemaladını verdiFransızca oğretmeni Yuzbaşı Nakiyuddin Bey (Yucekok), ozgurluk duşuncesiyle genc Mustafa Kemal'in duşunce yapısını etkiledi Mustafa Kemal Kuleli Askeri İdadisi'ne girmeyi duşunduyse de ona ağabeylik yapan Selanikli subay Hasan Bey'in tavsiyesine uyarak Manastır Askeri İdadisi'ne kaydoldu 18961899 yıllarında okuduğu Manastır Askeri İdadisi'nde tarih oğretmeni Kolağası Mehmet Tevfik Bey (Bilge), Mustafa Kemal Efendi'nin tarihe olan merakını guclendirdiBu tarihte başlayan 1897 OsmanlıYunan Savaşı'na gonullu olarak katılmak istediyse de hem İdadi oğrencisi olduğu icin, hem de 16 yaşında olduğundan dolayı cepheye gidememiştir Bu okulu ikincilikle bitirdi13 Mart 1899'da İstanbul'da Mektebi Harbiyei Şahane'ye girdi Birinci sınıfı 27, ikinci sınıfı 11, ucuncu sınıfı 1902'de Mulazım bu gunki ismiyle Teğmen rutbesiyle 549 kişi arasından piyade sınıf sekizincisi (1317 P8) olarak bitirdiAkabinde Erkanı Harbiye Mektebi'ne (Harp Akademisi) devam ederek 11 Ocak 1905'te Kurmay Yuzbaşı rutbesiyle mezun oldu