Eklem rahatsızlıkları yapısal ve anatomik kaynaklı olabileceği üzere sonradan da kazanılabilir. Çeneye alınan darbe (travma), dişlerin kapanış bağındaki bozukluklar, diş sıkma ve gıcırdatma, oluşan diş eksiklikleri, gerilim, osteoartrit ve romatoid artrit üzere sistemik marazlar çene eklemi rahatsızlıklarına neden olmaktadırlar.
Çene eklemi ile ilgili illetlerin teşhis ve tedavisi için Ağız-Diş ve Çene Cerrahisi mütehassısları tarafından yapılacak muayene, panoramik grafi ile yapılacak tüm diş ve çene yapılarını içeren sert dokulara yönelik radyolojik tetkik ve eklem içi yumuşak dokular için çekilen MR görüntüleme ehemmiyet taşımaktadır.
Çene eklemi rahatsızlıklarında tedavi için rahatsızlığa neden olan bölgesel etkenlerin düzeltilmesi ( gerekli diş tedavileri), çene eklemine gelen çok kuvvetlerin eliminasyonu için dental plak pratiği, diskle ilgili bozukluklarda artrosentez olarak isimlendirilen eklem içi enjeksiyonlar uygulanmaktadır.