Olumunden sonra Şehzade Mustafa adına Duzmece Mustafa isyanı adlı bir isyanın başlatıldığı duşunulur Şehzadenin celladın elinden kurtulduğunu ve kendisinin Şehzade Mustafa olduğunu soyleyerek tahta yurumeye kalkışan Duzmece Mustafa, Orhan Asenanın Ya Devlet Başa Ya Kuzgun Leşe adlı oyununda konu edilir
Şehzade Mustafanın oldurulmesinden sonra ortaya cıkan Duzmece Mustafa olayında Şehzade Bayezidin, isyancı kuvvetleri durdurmada ağır davrandığı, hatta bu isyanı onun duzenlediği iddiası ortaya atıldı Kanuninin ona olan guveni sarsıldı, ancak yine de kendisini affedip Kutahyaya gonderdi Bayezid bunun uzerine babasına yazdığı mektupta ben kulunuzu muradına irgurdunuz diyerek teşekkur etmiş ve kendisini tahtın varisi olarak gormeye başlamıştır