Fonoloji, bir dilin konuşma seslerinin nasıl bir araya getirileceğine dair kuralları içerir. Fonolojik farkındalık bireyin dildeki ses sitemine dair farkındalığıdır. Örneğin dilimizde k ve t sesleri anlam ayırt eder. Kaş-Taş gibi. Eğer bir çocuk kaş ve taş arasındaki anlam farkını kavrayamıyorsa, kaş resmini gösterip bu bir taş dediğinizde yanlış söylediğinizi fark etmiyorsa; k ve t seslerini işitsel olarak ayırt edemiyor demektir.
Artikülasyon bozukluğunda ise çocuk k sesini çıkaramadığı için kaş’a taş demesine rağmen siz kaş resmini gösterip bu bir taş derseniz farkındalığı olduğu için size muhtemelen gülerek hayır diyecektir. Ancak yine de k sesini çıkaramadığından kaş’a taş demeye devam edecektir. Fonolojik bozukluğu olan çocuklarda en sık görülen belirtiler çeşitli konuşma seslerinin yerlerinin değiştirilmesi, düşürülmesi ve bir ses yerine bir başka sesin kullanılmasıdır. Fonolojik bozukluklar artikülasyon problemleri ile birlikte görülebileceği gibi tek başına da görülebilirler. Bu çocukların konuşma anlaşılırlıkları oldukça düşüktür.
Fonolojik bozukluklarda fonolojik farkındalık çalışmaları yapılarak bireyin dildeki ses sistemine dair farkındalığı arttırılmaya çalışılır. Bu şekilde bireyin kelimelerdeki ses ve hece atmalarının önüne geçilmeye çalışılır. Terapinin bir diğer ayağı ise artikülasyon bozukluğunda olduğu gibi bireyin edinemediği ya da yanlış edindiği seslerin çalışılarak bireye edindirilmesidir. Erken dönemde müdahale edilmeyen gecikmiş dil ve konuşma bozukluklarının ilerleyen dönemlerinde fonolojik bozukluklar sıkça görülmektedir.