1515 yılında babası Sultan Suleymanın şehzadeliği sırasında Manisada dunyaya geldi Dedesi Yavuz Sultan Selimin 1520de hayatını kaybetmesi uzerine Osmanlı tahtına oturmak uzere İstanbula giden babasının yanında İstanbula gitti
Hurrem Sultanın babasının sarayına girmesinden sonra annesi Mahidevran ile Kanuniye dort şehzade daha doğuran Hurrem Sultan arasında, Kanuniden sonra kendi oğullarının tahta cıkmasını sağlamak icin buyuk bir mucadele yaşandı
Şehzade Mustafa, 1533 1541 arasında Saruhan Sancak Beyi olarak gorev yaptı Saruhan (Manisa), padişah adayının gorev yaptığı yer kabul edilirdi 1541de Amasya Sancak beyliğine atandı; Saruhan Sancak Beyliğine ise kardeşi Şehzade Mehmet getirildi Şehzade Mehmetin beklenmedik şekilde 1543te olumunden sonra Saruhan Sancak Beyliğine Şehzade Selim getirilirken; Şehzade Mustafa ise Konya Sancak beyliğine atandı
Kaynaklara gore pek cok devlet adamının gozunde, Şehzade Mehmetten sonra veliahtlığa Şehzade Mustafa layık gorulmekteydi Taht yarışında Mustafayı bertaraf edebilmek icin Hurrem Sultanın emri ile Sadrazam Damat Rustem Paşa tarafından sahte mektuplar urettiği duşunulur Bu mektuplar, Şehzade Mustafanın babası hayatta iken onun tahtına goz diktiğini gosterir niteliktedir Başlangıcta iddialara inanmayan Kanuni, Nahciven Seferine cıktığında Konya Ereğlisi tarafında (bugunku Akhuyuk Koyu) konakladığı sırada el opmeye gelen Şehzade Mustafayı orada boğdurdu Şehzadenin saray hademelerinden Zal Mahmut Ağanın arkadan saldırması sonucu hayatını kaybettiği duşunulur Cesedi cadırın onune asılmış, cenazesi daha sonra Bursaya gonderilerek II Murat turbesi yakınına defnedilmiştir Şehzade Mustafanın turbesi, 1555 yılında kardeşi Şehzade Selim tarafından yaptırılmıştır
Şehzade Mustafanın olumu askerler ve halk arasında buyuk tepki yarattı Yeniceriler, olaydan sorumlu gordukleri Rustem Paşanın cadırına saldırdılar ancak onu bulamadılar Matem gostergesi olarak oğlen yemeği yemediler ve Rustem Paşanın azlini istediler Kanuni artan baskı karşısında aynı gun Rustem Paşayı gorevden alıp yerine Kara Ahmet Paşayı atamak zorunda kaldı
Şehzade Mustafanın olumu uzerine FunUni, Rahmi, Edirneli Nazmi, Muini, Mustafa, Mudami, Sami, Kara Fazli, Nisayi , Şeyh Ahmed Efendi, Selimi, Kadiri gibi şairler mersiyeler yazdılar Hakkında yazılmış en tanınmış mersiye, Taşlıcalı Yahya Bey tarafından yazılmış olandır
Mustafanın idamından sonra yedi yaşındaki oğlu Şehzade Mehmet de ileride dedesine karşı acacağı olası bir intikam savaşını onlemek icin oldurulmuş ve babasının Bursadaki kabrine gomulmuştur
Ağabeyinin idamından sonra cesedinin cadır onunde asılmasına tanık olan Şehzade Cihangir, bu olayın duygusal sarsıntısı ile hastalanmış ve babası ile birlikte gittiği Halepte 27 Kasım 1553te hayatını kaybetmiştir
Olumunden sonra Şehzade Mustafa adına Duzmece Mustafa isyanı adlı bir isyanın başlatıldığı duşunulur Şehzadenin celladın elinden kurtulduğunu ve kendisinin Şehzade Mustafa olduğunu soyleyerek tahta yurumeye kalkışan Duzmece Mustafa, Orhan Asenanın Ya Devlet Başa Ya Kuzgun Leşe adlı oyununda konu edilir
Amasya'daki Şehzadeler Muzesi'nde Şehzade Mustafanın bir balmumu heykeli vardır