Olumunden sonra Şehzade Mustafa adına Duzmece Mustafa isyanı adlı bir isyanın başlatıldığı duşunulur Şehzadenin celladın elinden kurtulduğunu ve kendisinin Şehzade Mustafa olduğunu soyleyerek tahta yurumeye kalkışan Duzmece Mustafa, Orhan Asenanın Ya Devlet Başa Ya Kuzgun Leşe adlı oyununda konu edilir
Duzmece Mustafa İsyanı, 1402 yılında Osmanlıların Timur'a yenilmesiyle Timur, Yıldırım Bayezid'in oğullarından biri olan Mustafa'yı yanında esir olarak Semerkand'a goturdu Timur oldukten sonra, Mustafa Anadolu'ya geri donerken, Bizans'a esir olarak verildi 1421 yılında I Mehmet oldukten sonra, Bizanslılar Mustafa'yı serbest bıraktı Mustafa hemen Edirne'ye hareket etti II Murat, halkın Mustafa yanında isyana katılmaması icin Mustafa'nın Duzmeceolduğunu, yani ona benzeyen başka biri olduğunu soyledi Ama Mustafa, Ankara Savaşı'nda aldığı yaraları gosterince Edirne'de, halk onun yanında yer aldı Sonra da Mustafa Edirne'yi işgal etti Burada sultanlığını ilan etti
Şehzade Mustafanın oldurulmesinden sonra ortaya cıkan Duzmece Mustafa olayında Şehzade Bayezidin, isyancı kuvvetleri durdurmada ağır davrandığı, hatta bu isyanı onun duzenlediği iddiası ortaya atıldı Kanuninin ona olan guveni sarsıldı, ancak yine de kendisini affedip Kutahyaya gonderdi Bayezid bunun uzerine babasına yazdığı mektupta ben kulunuzu muradına irgurdunuz diyerek teşekkur etmiş ve kendisini tahtın varisi olarak gormeye başlamıştır